Hola,
Brevemente... La unica solucion que Yo he encontrado para solucionar esto es agregando las provincias de España y después crear Tasas de Impuesto paara Ceuta, Melila e Islas Canarias y una tasa para todas las demás....
En mi caso que tengo Woocomerce 1.6.1 creo, agrego las provincias en class-wc-countries.php, os las dejo abajo que es un coñazo hacerlas todas.
Si necesitais mas info desarrollamos el post...
'ES' => array(
'AN' => __('Andalucía', 'woocommerce') ,
'AR' => __('Aragón', 'woocommerce') ,
'AS' => __('Principado de Asturias', 'woocommerce') ,
'CB' => __('Cantabria', 'woocommerce') ,
'CL' => __('Castilla y León', 'woocommerce') ,
'CM' => __('Castilla-La Mancha', 'woocommerce') ,
'CT' => __('Cataluña', 'woocommerce') ,
'EX' => __('Extremadura', 'woocommerce') ,
'GA' => __('Galicia', 'woocommerce') ,
'IB' => __('Islas Baleares', 'woocommerce') ,
'CN' => __('Islas Canarias', 'woocommerce') ,
'RI' => __('La Rioja', 'woocommerce') ,
'MD' => __('Comunidad de Madrid', 'woocommerce'),
'MC' => __('Región de Murcia', 'woocommerce') ,
'NC' => __('Comunidad Foral de Navarra', 'woocommerce') ,
'PV' => __('País Vasco', 'woocommerce') ,
'VC' => __('Comunidad Valenciana', 'woocommerce'),
'CM' => __('Ceuta y Melilla', 'woocommerce')
),